Alhoewel water overal wel ergens terug te vinden is in het landschap, is water een aparte beheercategorie. Het betekent dat boeren 'Water' beheren voor een betere kwaliteit en het verhogen van waterbergend vermogen van de bodem. Anders dan de overige leefgebieden worden de beheervergoedingen binnen ‘Water’ betaald door zowel de Provinsje Fryslân als door Wetterskip Fryslan (WF).
Het Wetterskip heeft waterdoelen te behalen in het kader van de Kaderrichtlijn Water (KRW). Waterberging en waterkwaliteit zijn belangrijke onderdelen van de KRW. Boeren kunnen hier een belangrijke rol in spelen. Dat is mede de reden dat WF deels de beheervergoedingen meebetaald. Zowel de Provinsje als WF betalen ieder 50% van het beschikbare budget.
Het agrarisch natuurbeheer binnen de categorie Water in het ELAN gebied gaat voornamelijk om beheer voor een betere waterkwaliteit. Het beheer richt zich voornamelijk op het voorkomen van uit- en afspoeling van mineralen en meststoffen in het oppervlaktewater (sloten).
Bij de randen van grasland (zoals weilanden):